Píše se rok 2199 a lidstvo je téměř u svého konce. Pod neustálým útokem rasy Gamilos jsou lidé donuceni bydlet v podzemních komplexech, aby se tak ubránili dopadům planetárních bomb a následné radioaktivitě. Planeta Země je na povrchu neobyvatelná a vypadá téměř podobně jako její soused Mars, kde na jeho povrch dopadne vesmírná loď s podivnou kapslí. Tuto kapsli dopraví mladí důstojníci Kodai Susumu a Shima Daisuke na Zemi, kde se zjistí, že se jedná o zprávu pro lidstvo. Zpráva totiž obsahuje informace o planetě Iscandar, kde se údajně nachází speciální zařízení, pomocí kterého je možné planetu Zemi zachránit a vrátit ji její původní život a krásu. Pro tuto velice důležitou misi, která znamená šanci pro přežití lidstva, je postavena nová bitevní loď. Loď, která je silnější než všechny dřívější pozemská plavidla před ní. Její název je Yamato. Vědci předpokládají, že lidstvu zbývá nanejvýš jeden rok. Avšak tento nelehký úkol naráží na odpor a nástrahy nepřátel.