Příběh začíná v daleké budoucnosti v dalekých končinách galaxie. Lidská Galaktická Aliance neustále bojuje o přežití proti bizarní rase nazývané Hideous. Během intenzivního boje je mladý poručík Red s jeho humanoidně mobilní zbraňovou komorou pohlcen do pokřivení času a prostoru. Po probuzení z uměle vyvolané hibernace, si Red uvědomuje, že dorazil na Zemi, planetu za ztracenou hranicí. Na této planetě, která byla zcela zaplavena mořem, žijí lidé v obřích lodních flotilách a vynášejí pozůstatky z hlubin moře, aby přežili. Red dorazí na jedno z loďstev s názvem Gargantia. Bez znalosti historie planety či kultury je nucen žít po boku Amy, 15leté dívky, která slouží jako poslíček na palubě flotily Gargantia. Red, který žil život pouze bojem, je překvapený z míru, který na planetě panuje.