Akademické město je domovem přibližně 2,3 miliónů obyvatel, z čehož 80 % jsou studenti, kteří se snaží rozvíjet psychické síly a pokročilou technologii. Studenti jsou řazeni podle úrovně svých psychických schopností - bez nich jsou v úrovni 0 a poté od 1. úrovně pro nejslabší až po 5. pro nejsilnější, ve které je pouze 7 studentů z celého města, kteří jsou také seřazeni podle čísel.Misaka Mikoto, Elektro-master, je tvrdohlavá a na 5. úrovni má čislo 3. Její perverzní a vášnivá spolubydlící z 4. úrovně Shirai Kuroko, Teleporter, je členkou sboru Judgment pro vynucování zákona a veřejnou bezpečnost. Uiharu Kazari je stydlivá partnerka Kuroky v Judgmentu a je specialistou pro sbíraní informací a hackování. Saten Ruiko, Kazariina zlomyslná kamarádka, která má ve zvyku nadzvedávat její sukně, aby viděla, jakou barvu spodního prádla nosí, je ke svému zklamání z úrovně 0.Ve městě bohatém na nadpřirozené schopnosti, kde městské legendy jsou nedílnou součástí denního života a není nikdy nudný den, se věci znovu stávají ještě více vzrušujícími, i když ne vhodným způsobem. Poslední a největší legenda vypráví o kreditních kartách poschovávaných po městě a záhadném projektu zahrnujícím klony. Mikoto není těmito zvěstmi právě potěšena, když se už rozhodla podstoupit odběr mapy DNA pro výzkum k léčbě svalové dystrofie, a obává se, že klony mohou být její. Vydává se řešit případ a její předběžné výsledky ukazují, že se měla stát součástí projektu, ale městský superpočítač (Tree Diagram) naznačil, že by její klony byly mnohem slabší než ona. Mikoto si oddychne, ale jen do chvíle, než objeví další skutečnosti o projektu klonování, které jí nedají spát. Mezitím - co jsou zač ty kreditní karty a mají něco společného s klony?