Je to již dávno, co bylo lidstvo donuceno opustit povrch planety, vyhnáno strašlivým nepřítelem. Po zemi se nyní pohybuje velká spousta stvoření známých jako „Ďábelští brouci“. Lidé se uchýlili na poslední bezpečná místa, do obřích vznášejících se měst. Jedinou nadějí v boji s nepřítelem se stali „Nebeští čarodějové“ schopní používat magii a levitovat ve vzduchu. K jejich výcviku slouží speciální akademie. Jednou z těchto akademií je i Mystogan, kde žije Kanata Age. Kanata byl kdysi znám jako velký válečník a elitní „eso“ speciálního týmu S128, ovšem nyní jím všichni opovrhují a nikdo mu neřekne jinak nežli „zrádce“. Jednoho dne je Kanata vybrán, aby se stal instruktorem třídy E601, která je zvláštní tím, že má pouze tři studentky a všechny mají naprosto hrozné studijní výsledky…